Il s'impose cependant rapidement à l'Olympique lyonnais comme un défenseur de classe internationale. Sa première saison en Ligue 1 est ponctuée par un titre de Champion de France et, à titre personnel, par sa nomination dans l'équipe-type de Ligue 1 de l'Union nationale des footballeurs professionnels. Sa seconde saison en Ligue 1 est une année de confirmation : Cris est l'auteur d'une excellente saison 2005-2006 avec l'Olympique lyonnais et s'impose définitivement. Il est sacré étoile d'or par la revue France Football. Le quotidien L'Équipe le sacre meilleur défenseur de la saison. Il figure une nouvelle fois dans l'équipe-type de la saison de l'Union nationale des footballeur professionnels. Cette excellente saison lui vaut une revalorisation de salaire assortie d'une prolongation d'un an, le liant avec l'Olympique lyonnais jusqu'en 2010. Il est également récompensé de cette excellente saison le 15 mai 2006 par Carlos Alberto Parreira qui le sélectionne pour participer à la coupe du monde du football de la FIFA 2006 en Allemagne.Cependant il ne jouera pas une seule minute durant ce mondial.
Au début de la saison 2007-2008, il se rompt les ligaments croisés du genou lors d'un match face au Toulouse FC et est déclaré indisponible pour environ 6 mois.
Au début de la saison 2007-2008, il se rompt les ligaments croisés du genou lors d'un match face au Toulouse FC et est déclaré indisponible pour environ 6 mois.
