Cris joue au SC Corinthians de São Paulo (1995-1998) avant de rejoindre le club de Cruzeiro EC de Belo Horizonte (Minas Gerais). Il honore sa première sélection le 4 avril 1999 contre les États-Unis à Brasilia (match remporté 7-0 par le Brésil). En 2000, la revue brésilienne Placar le consacre comme étant le meilleur joueur à son poste évoluant dans le championnat brésilien en lui remettant le titre de ballon d'argent.
En 2002, il rejoint le club allemand du Bayer Leverkusen mais il ne parvient pas à s'adapter à sa nouvelle équipe. L'année suivante, il retourne au Brésil, dans le club de Cruzeiro. Il y gagne la même année le championnat brésilien.
Au mois d'août 2004, il est transféré à l'Olympique lyonnais pour une somme proche de trois millions d'euros. Impliqué dans une bagarre au cours d'un match au mois de juin, Cris risque une suspension de six mois que la Fédération brésilienne de football s'engage à ne pas étendre hors du Brésil. Cette affaire ainsi que le duel physique qu'il impose à Thierry Henry au cours d'un match France-Brésil (0-0) au Stade de France le 20 mai 2004 lui vaut une réputation de défenseur rugueux.
